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变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)是根据寡核苷酸的大小来分离,因此可将全长产物与不完整的短分子分开。电泳时通常每一泳道至少加1mg合成的寡核苷酸,电泳后在紫外灯下定位寡核苷酸条带,将长度正确的寡核苷酸从凝胶上切下。