目前，在发动机上直接应用甲醇替代燃料时会存在以下几个问题:

(1) 甲醇燃料本身的自燃性能比较差

甲醇燃料的十六烷值太低(仅达到3左右)，而其本身的自燃温度却高达465 ºC，因此甲醇燃料的着火性能比较差，而一般采用压燃式燃烧方式的柴油发动机，其对燃料的十六烷值要求比较高(需要达到 40以上)。

(2)甲醇燃料本身存在溶蚀和胀大的作用

当我们在车用发动机上直接燃用甲醇替代燃料时，如果我们不对原发动机的结构进行改造，而直接使用原发动机的燃油喷射系统，这时往往就会造成发动机喷射系统的堵塞，甚至会导致卡死等现象的产生，从而会导致整个发动机的可靠性以及耐久性变差。。

(3)甲醇发动机的冷却起动比较困难

甲醇燃料的汽化潜热值比较大，其值达到了1109 k J/kg，比汽油(310 k J/kg)和柴油(270 k J/kg)燃料的汽化潜热值的3倍还要多，其理论汽化降温为-122℃，因此，为了能够使甲醇燃料能够得以汽化，在使用甲醇燃料时往往需要我们对其采取一些特殊的技术措施，否则在应用时会对发动机的正常燃烧以及运转工作产生一定的影响。