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白豆杉分布星散,个体稀少,又是雌雄异株,生于林下的雌株往往不能正常授粉,天然更新困难。加之植被破坏,生境恶化,导致分布区逐渐缩小,资源日趋枯竭。属国家Ⅱ级重点保护野生植物(国务院1999年8月4日批准)。
本种分布的浙江凤阳山、九龙山、江西井冈山、湖南张家界等已建立自然保护区和森林公园,对珍稀物种列为重点保护。其它分布点,建议林业部门严禁采伐森林和砍伐母树,并开展人工繁殖栽培。北方温室盆栽生长良好,可用中性腐叶土种植。杭州植物园、凤阳山自然保护区已引种和繁殖栽培。