福寿沟工程主要分为三大部分，一是将原来简易的下水道改造成矩形断面，砖石砌垒，断面宽大约90公分，高180公分左右，沟顶用砖石垒盖，纵横遍布城市的的各个角落，分别将城市的污水收集排放到贡江和章江。二是将福寿二沟与城内的的三池(凤凰池、金鱼池、嘶马池)以及清水塘、荷包塘、蕹菜塘、花园塘、铁盔塘等几十口池塘连通起来，一方面增加城市暴雨时的雨水调节容量，减少街道淹没的面积和时间，另一方面可以利用池塘养鱼、淤泥种菜，形成生态环保循环链。三是建设了12个防止洪水季节江水倒灌，造成城内内涝灾害的水窗，这种水窗结构由外闸门、度龙桥、内闸门和调节池四部分组成，主要是运用水力学原理，江水上涨时，利用水力将外闸门自动关闭，若水位下降到低于水窗，则借水窗内沟道之水力将内闸门冲开。

为了保证窗内沟道畅通且有足够的水压力(冲力)，刘彝采取变断面，加大坡度的方法来加大水的水流速度，进入水窗的水增加流速2-3倍，水窗的坡度是4.25%，比正常下水道大4.1倍,这样就保证了水窗内的水保持强大的水压，既可以冲刷走水中的泥沙和杂物，又可以冲开外闸门，排入江中。

值得一提的是，福寿沟工程通过科学合理的设计，利用城市地形的自然高差，全部采用自然流向的办法，使城市的雨、污水自然排入江中和濠塘内。