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本种曾被误认为华山松P. armandi Franch. 但海南五针松球果较小,种鳞边缘明显反卷,种子多为倒卵状椭圆形,木质种皮薄,具短翅,与华山松形态明显不同。植物分类学报5卷3期(1956年)中曾将海南五针松作为日本五针松P.parviflora Sieb. et Zucc.的变种,并认为两者并无显著区别。实则日本五针松小枝有毛,针叶短,种子具明显的宽翅;而海南五针松小枝无毛,针叶细长,种子具短翅,形态上是明显不同的。