未键合硅胶仍然是HILIC中广泛使用的固定相，尤其是在生物分析领域。由于HILIC流动相中水相含量较高，在NPLC中硅胶色谱柱所引起的溶质不可逆吸附及保留重现性差等问题在HILIC中并不是难题。用于HILIC的硅胶柱使用有机溶剂(如水及乙腈)填充及储存，而不是正相溶剂。研究发现，不同的A型硅胶柱性能存在较大差异，这可能是因为A型硅胶纯度低，金属杂质的含量不同且含量较高；而B型硅胶柱的色谱性能相似，如McCalley比较了几种不同酸性、碱性及中性化合物在3种不同B型硅胶柱上的分离情况，发现所考察化合物在3种色谱柱上的保留时间及分离选择性均相似。此外，Heaton及其合作者还发现B型硅胶与C型硅胶也具有非常相似的保留选择性。亚乙基桥杂化(BEH)硅胶中约三分之一的表面Si—OH被除去，因此减弱了与si—OH作用的化合物的保留，由于乙基桥链的嵌入使得BEH颗粒表面pX。及残留表面Si—OH的带电状态与经典的硅胶表面不同，影其保留性能 。

硅胶填料的制备丰要以硅酸盐和有机硅氧烷作为前驱体，使用氢氧化钠或氢氧化钠和氨水作为催化剂，因此不可避免地会引入金属杂质(如钠、铁、铝等)．这些金属杂质不仅对硅胶的结构和化学特性产生显著影响，而且某些金属可能成为小的活性中心或催化点，从而导致填料具有催化性质和非特异性吸附特性．另外，利用二氧化硅水溶胶制备多孔色谱硅胶时，如果二氧化硅水溶胶中含有较多钠离子杂质时，在高温焙烧过程中钠离子与二氧化硅的玻璃化会导致硅胶孔结构发牛塌陷和阻塞。杨俊佼等 在氨水和氨气催化下使单晶硅粉水解，合成了单分散、高纯的纳米二氧化硅水溶胶；再利用聚合诱导胶体凝聚法(PICA)制备单分散脲醛二氧化硅复合微球，经过高温煅烧后得到球形硅胶色谱柱填料．通过电感耦合等离子一质谱(ICP—MS)、电子显微镜和BET比表面积测试等手段对球形硅胶的纯度、粒径分布及比表面积进行了表征，并通过色谱分离对硅胶填料的性能进行了评价。实验结果表明，该方法合成的色谱柱填料具有纯度高、粒径分布均匀、机械强度高及分离能力强等优点。