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海鞘是雌雄同体，异体受精，精子与卵子直接排入水中或在围鳃腔内受精。自卵受精后，通常在几小时或几天后发育成可以自由游动的幼体，此时它们的尾部已具有脊索构造，其外型如蝌蚪般，因而又称为“蝌蚪体”。经过一段时间后，它们会选择适当的环境降落与附着，以进行变态，发育为成体。但也有种类不需经过蝌蚪期，而直接发育为成体。海鞘经过变态之后，脊索退化消失。作为脊索动物门中最低等的尾索动物的代表，海鞘与假想的脊索动物的祖先——背囊动物有很多相似之处。
