锥头麻和其它植物一样，在生长发育过程中，也会遭到病虫害的危害。
主要是杂菌感染的危害，严重时会使锥头麻块茎腐烂。杂菌菌丝呈绿、黄、白等颜色。但一般不能生成根
状菌索，很容易识别。发现杂菌时必须清除。防治方法：选用蜜环菌菌索旺盛而无杂菌的菌材；培养菌材时应加大用种量，造成蜜环菌生长优势，以抑制杂菌；栽培锥头麻的沙土要干净，并在收获翻栽时更换1次；菌材使用2-3年后应全部更换；浇水要均匀，注意调节温度、湿度；栽种前用石灰或其它杀菌剂和杀虫剂对栽培场地进行处理。
蝼蛄，有杀虫双水剂250克，炒香的麦麸25千克加水7.5升拌和后，于傍晚撒于地表诱杀。
蛴螬，在栽种前，用呋喃丹1.5-2.5公斤点蔸。有条件时可设置黑光灯诱杀成虫。
