小叶鸢尾兰茎明显，长1-2厘米。叶数枚，基部二列套叠，两侧压扁，线状披针形，稍镰刀状，略肥厚，长1-2（-3）厘米，宽2-3.5 (-5）毫米，先端急尖或渐尖，基部无关节。
花葶从茎顶端叶间抽出，较纤细，近圆柱形，无翅，长2-8厘米；总状花序具多数小花；花苞片卵状披针形，长1（-2）毫米，先端渐尖；花梗和子房长1-2毫米，常略长于花苞片；花黄绿色至桔红色，很小，直径不到1毫米；萼片宽卵形至卵状椭圆形，长约0.5毫米，宽约0.4毫米；侧萼片常略大于中萼片。
花瓣近长圆形或卵形，与萼片近等长但略狭，先端钝；唇瓣轮廓为宽长圆状卵形，长约0.6毫米，3裂；侧裂片位于唇瓣基部两侧，卵状三角形，斜展，全缘；中裂片椭圆形，宽长圆形或近圆形，明显大于侧裂片，先端凹缺或有时中央具1小齿。花期4-7月。
