1、 两者在植物分类学上的地位不同.萱草隶属于百合科萱草属(Hemerocallis),全世界约有14种,我国11种,都是非常美丽的观赏植物,其中最著名的代表是用作蔬菜的黄花菜(H.citrina).园艺上常见的品种有大花萱草(H.middendorffii),萱草(H.fuava)等.鸢尾是鸢尾科鸢尾属(Iris)植物,是一个比萱草属大得多的属,有300多个成员,我国有40种左右,也都是漂亮的观赏花卉.著名的观赏品种有鸢尾(I.tectorum),德国鸢尾(I.germanic),蝴蝶花(I.japonica),黄菖蒲(I.pseudacorus)等。

2、两者生活的环境不同.萱草是更适应干旱环境的植物,一般种植在向阳草丛中,而鸢尾是一种湿生植物,已经适应了潮湿的环境,如长期种植在干旱的土壤上会长势不良甚至死亡.在园艺上,萱草一般用作花坛地被或花镜,鸢尾主要在水景中发挥作用。

3、外部形态上的区别.从花上看,虽然两者都由六枚花被构成,但萱草的六枚花被几乎是一样大小的,与百合相像;而鸢尾是外面的三枚大而下垂,里面的三枚小,远看像一只翩翩起舞的蝴蝶,故有蝴蝶花的美名.再来看叶,萱草的叶片呈长条形,中间微凹,有明显的中脉,丛生;而鸢尾的叶片比萱草略宽,整体像一把宝剑,没有明显的中脉,新长出来的叶片基部包裹在老叶的叶鞘内.最后看果,萱草的果实一般呈圆形,比较小,而鸢尾的果实呈椭圆形,往往比较大。