国际上有许多研究组在对光子晶体光纤的制备工艺进行研究，但还没有关于光子晶体光纤制备关键工艺的报道。光子晶体光纤的制备一直是该领域的一个难点。一般最为常用的方法是管棒堆积多次拉丝工艺，将石英管和芯棒按照预期设计的周期性结构堆积并熔合成形，然后经过多次拉丝制备光子晶体光纤，工艺过程具体参数需要根据光子晶体光纤设计来确定。

光子晶体光纤制备工艺的一个关键问题是如何降低损耗。近几年快速发展的光子晶体光纤制备工艺已经使得制备低损耗，复杂结构的光子晶体光纤成为可能。光子晶体光纤目前已基本商用化，但是制备光子晶体光纤的关键技术只被国际上少数几家研究单位所掌握，如丹麦的Crystal Fiber，英国的Bath大学，日本的NTT实验室等。因此商用化的光子晶体光纤的价格非常昂贵，一般每米的价格从几十美元到几千美元不等。而国内的多家研究单位在光子晶体光纤制备工艺方面还没有取得突破性进展。长飞光纤光缆有限自2002年开始进行该特种光纤制备工艺的初步探索，目前在光子晶体光纤制备工艺方面已取得突破性进展，掌握了光子晶体光纤制备的关键技术。 高非线性光子晶体光纤技术不能获得广泛应用的另一个关键因素是光纤的熔接技术不成熟。光子晶体光纤非线性光学系数越大,有效模场面积(或芯径) 就越小，与传统单光纤的耦合、熔接就越困难。光子晶体光纤的熔接损耗与光纤的模场失配有关，熔接过程中空气孔中会有水气等的凝结污染，会影响到接头的损耗和寿命。如何方便有效地进行光纤熔接是目前急待解决的关键问题。