最古老的银杏类化石是在法国南部早二叠世发现的毛状叶 （ Trichopitys）化石（也有认为晚石炭世的两歧叶属Dichophyllum 是最早的银杏类化石）。楔拜拉（Sphenobaiera）于晚二叠世时出现。二叠纪-三叠纪灭绝事件使银杏类植物濒临灭绝。晚三叠世时，银杏类植物快速发展，之后的侏罗纪和早白垩世达到了鼎盛时期，广泛分布于世界各大洲，但在赤道地区和南极洲没有发现报道。当被子植物于早白垩世晚期迅速崛起时，银杏类像其它裸子植物一样也急剧衰落。晚白垩世后除个别发现外，银杏科以外的银杏类植物已基本绝迹。晚白垩世和古近纪，银杏（主要为银杏属Ginkgo 和似银杏属Ginkgoites）在欧亚大陆和北美高纬度地区呈环北极分布，渐新世时由于寒冷气候不断向南迁徙，并在此之后不断衰落。中新世末在北美消失，上新世晚期在欧洲消失。而东亚是银杏类植物的最后栖息地。中国的银杏大化石纪录终于始新世；日本直至上新世，甚至更新世早期都有银杏叶化石发现，但没有发现繁殖器官。

在中国浙江西天目山发现有野生状态的银杏（Ginkgo biloba），另外在安徽大别山、湖北神农架和大洪山及广东南雄也有发现。