银杏类化石的极为庞杂，大部分是营养器官，只有很少的化石是繁殖器官。

常见的营养器官形态属有:

拜拉属(Baiera) 桨叶属(Eretmophyllum) 银杏属(Ginkgo) 准银杏属(Ginkgodium) 似银杏属(Ginkgoites) 银杏枝属(Ginkgoitocladus) 假托勒利叶属(Pseudotorellia) 楔拜拉属(Sphenobaiera) 舌叶属(Glossophyllum) 毛状叶属(Trichopitys) 常见的繁殖器官形态属有:

雌性生殖器官 银杏属(Ginkgo) 狭轴穗属(Stenorachis) 施迈斯内果属(Schmeissneria) 格雷纳果属(Grenana) 卡肯果属(Karkenia) 托勒兹属(Toretzia) 乌马托鳞片属(Umaltolepis) 义马果属(Yimaia) 松套籽属(Allicospermum) 雄性生殖器官 银杏属(Ginkgo) 堆囊穗属(Sorosaccus) 小果穗属(Stachyopitys) 化石花属(Antholithus)

周志炎(1997，2003)依据繁殖器官，在系统发育分析的基础上对银杏目植物重新进行分类，是能够较好的反应银杏类系统发育的分类系统之一。该方案为:

银杏纲 Ginkgoopsida 银杏目 Ginkgoales 毛状叶科 Trichopityaceae 毛状叶属Trichopitys卡肯果科 Karkeniaceae 卡肯果属Karkenia乌马托鳞片科 Umaltolepidiaceae 乌马托鳞片属Umaltolepis托勒兹果属Toretzia施迈斯内果科 Schmeissneriaceae 施迈斯内果属Schmeissneria义马果科 Yimaiaceae 义马果属Yimaia银杏科 Ginkgoaceae 银杏属Ginkgo格雷纳果属Grenana