近年来，随着风雨的侵蚀、城市化进程的加快和人们生活习惯的变化，两岸红砖建筑的保护都面临着越来越严峻的挑战。现存的红砖建筑还有多少，福建各地还在摸底调查中。据厦门市粗略统计，现存红砖厝大概1600幢，主要分布在岛外四区，面积最大的位于海沧，现存600多幢，余下的多集中在同安和翔安;根据漳州市的初步调查，全市的红砖建筑有近千座，所辖八县二区一市的乡村都有，较密集、较大规模的主要分布在龙海、龙文、芗城、长泰、南靖，其中龙海市存量最多;泉州保存较好的红砖厝还有五六百处，主要集中在老城区和晋江、南安、石狮等县市。
去年，福建省文物局开始组织专家们对红砖古民居建筑群进行考察，今年2月又进行第二次考察，目的就是初选"申遗"点，争取在3月底之前完成闽南红砖建筑申报世界遗产预备名单的申报文件，并提交国家文物局研究、审定。
两岸的专家学者并不特别关心申遗的成功与否，他们更重视的是申报的过程。泉州市文物局局长出宝阳在接受记者采访时表示，申遗过程将有利于保护红砖建筑，包括对建筑周边的历史风貌整治、文物生存环境保护与提升等。清华文化遗产研究所副所长魏青说，闽南有很多个体保存相对好、历史价值也非常高的红砖建筑，可惜周边环境和世遗的要求实在相差太远。像漳州台商投资区白礁村潘厝社，目前虽有23座较完好的红砖厝，因其四周高楼林立而失去申报资格。厦门的新埯红砖厝建筑群，虽然现存600多栋古厝都是典型的红砖民居，但是因为高低不等的钢筋水泥建筑杂乱地矗立在红砖厝建筑群里，破坏了周围的环境。
台湾云林科技大学文化资产维护系廖志中副教授则认为，古迹和历史建筑是一个国家文化传承的象征，它的保存不仅在见证历史，也在彰显一个国家人民对文化资产的认知程度，并反映这个国家的科学发展以及技术研究的文明层次。福建省建筑设计研究院原院长、首席总建筑师黄汉民认为，保护远比"申遗"重要，要保护好红砖建筑的整个环境。在做好保护的同时，今后新的建筑也要延续原来的地域特色，避免"千城一面"。
据悉，选点考察工作的摸底调查从2016去年2月底就已开始，全省筛选出了50多个红砖建筑的片和点，专家们第一次考察后，又从中筛选了10多个候选点。3月下旬，福建有关部门借国家文物局对世界文化遗产预备名录进行调整的契机，已经正式提交项目申报，国家文物局目前已将闽南红砖建筑群列入预备名录。
对此，专家们表示，正式申报也仅仅是一个开始，对相关遗产资源的调查梳理以及红砖建筑概念界定等问题，还有很多工作有待补充和完善，闽南红砖建筑申遗的路还很漫长。"申遗成功之后，闽南红砖古厝将得到更好的保护，不仅仅有历史、文化价值，这也是珍贵的旅游资源。"曹春平教授曾表示，两岸申遗从历史上来讲是站得住脚的，一旦成功，也将推动两岸文化的交流和融合。
