栽培水生花卉的水池应具有丰富、肥沃的塘泥，并且要求土质黏重。盆栽水生花卉的土壤也必须是富含腐殖质的黏土。
由于水生花卉一旦定植，追肥比较困难，因此，需在栽植前施足基肥。已栽植过水生花卉的池塘一般已有腐殖质的沉积，视其肥沃程度确定施肥与否，新开挖的池塘必须在栽植前加入塘泥并施入大量的有机肥料。
各种水生花卉，因其对温度的要求不同而采取相应的栽植和管理措施。
王莲等原产热带的水生花卉，在中国大部分地区进行温室栽培。其他一些不耐寒者，一般盆栽之后置池中布置，天冷时移人贮藏处。也可直接栽植，秋季掘起贮藏。
半耐寒性水生花卉如荷花、睡莲、风眼莲等可行缸植，放入水池特定位置观赏，秋冬取出，放置于不结冰处即可。也可直接栽于池中，冰冻之前提高水位，使植株周围尤其是根部附近不能结冰。少量栽植时可人工挖掘贮存。
耐寒性水生花卉如千屈菜、水葱、芡实、香蒲等，一般不需特殊保护，对休眠期水位没有特别要求。
有地下根茎的水生花卉一旦在池塘中栽植时间较长，便会四处扩散，以致与设计意图相悖。因此，一般在池塘内需建种植池，以保证不四处蔓延。
漂浮类水生花卉常随风而动，应根据当地情况确定是否种植，种植之后要否固定位置。如需固定，可加拦网。
水体常因流动不畅、水温过高等原因，引起藻类大量繁殖，造成水质浑浊。防治的方法是:小范围内可用硫酸铜除之，即将硫酸铜装布袋悬于水中，用量为1kg/m3;大范围内则需利用生物防治，如放养金鱼藻、狸藻等水草或螺蛳、河蚌等软体动物。
