埃及蓝睡莲是多年水生草本植物；根状茎短粗。叶纸质，叶近圆形或椭圆形，叶片深裂至叶柄着生处，近全缘或分裂处有少数齿状，基部具深弯缺，约占叶片全长的1/3，裂片急尖，稍开展或几重合，叶正面绿色，背面有紫色斑点。两面光滑无毛，叶柄绿色无毛。花梗细长；花萼基部四棱形，萼片革质，宽披针形或窄卵形，宿存。
花心鲜黄色，花朵浅蓝色。花瓣15-20枚，花径15厘米，花瓣星状，顶端蓝色较深，基部渐淡，雄蕊金黄。萼片狭窄，呈线形或长披针形。雄蕊比花瓣短，花药条形，柱头具5-8辐射线。傍晚开花，午前闭合，花有香气。
