莼菜属（Brasenia Schreb)、睡莲属(Nymphaea Linn.)和芡属(Euryale Salisb .ex DC.)分别由J.F.Gmel.于1791年、Linnaeus于1753和Salisb.于1805年建立。在较早的分类系统中(如恩格勒系统等)，三属均被包含在睡莲科中。在后来的一些分类系统中(如克朗奎斯特系统等)，则将睡莲属和芡属包含在睡莲科中，而把莼菜属与水盾草属(Cabomba)一起从睡莲科中分离出来，建立莼菜科(Cabombaceae)。

睡莲科莲亚科

仅有1属，即莲属，2种，一种产亚洲和澳大利亚东北部，另一种产美洲。有导管；无具叶的茎；花药外向，花粉具3沟；心皮多数，分离，嵌生于倒圆锥状花托的穴内，子房上位，有1～2胚珠，种子有很少的胚乳，无外胚乳。

睡莲科莼亚科

有2属，莼属，1种，产亚洲东部、大洋洲、北美洲和非洲西部；水盾草属，6～7种，产美洲温暖地区。无导管，有具叶的茎；花药侧向，花粉具单沟；心皮3～18，分生，子房上位，有2～3胚珠；种子有少量胚乳和丰富的外胚乳。

睡莲科睡莲亚科

有6属，包括睡莲属、芡实属、王莲属、萍蓬草属。无导管；无具叶的茎；花药内向，花粉具单沟，稀无萌发孔；心皮5至多数，合生，子房半下位或下位，有多数胚珠；种子有少量胚乳和丰富的外胚乳。

许多学者对睡莲科的分类有不同的看法。不少学者主张将上述3亚科均独立成科。