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清水圆柏依据IUCN物种保育等级评估表(1994),为严重濒临绝灭(Critically Endangered)。清水圆柏族群分布区小于100平方公里,实际占有面积小于10平方公里,族群被严重隔离,仅剩之生育地少于5个,且栖地之范围、面积与品质持续下降。清水山(Chingshuishan)及岚山(Lanshan)地区的清水圆柏曾遭挖采。