柏科植物的木材有香气，结构细致、均匀、纹理直，质地较重而坚韧；加工容易，刨面光滑，耐腐性较强；心边材区别明显，心材色深。为建筑、家具、门窗、舟车、柱材、椿木、桥梁、细木工及美术工艺等用材。其中扁柏、圆柏、侧柏、柏木、崖柏等属的木材，均为世界上高级商用材。有些种类为造林、固沙及水土保持的优良树种。不少种类的树形优美，叶色翠绿或浓绿，常被栽培作园林绿化或庭园观赏树。柏科木材具有树脂细胞，无树脂道，管胞无螺纹加厚、纹孔为单列，但南半球的Callitris属的一些树种具特殊的加厚，木薄壁组织通常存在并数量极多，交叉场纹孔多为柏木型，木射线管胞通常存在，但多数难于识别，木射线高数在针叶林中是最低的一科，管胞长度较短。柏科植物含有桧黄素、榧黄素、西阿多黄素、苏铁黄素和柏黄素；此外黄醇和二氢栎精在柏科叶中广泛分布。还有些品种被种植作为圣诞树。

日本柳杉是日本的国树；

墨西哥落羽杉是墨西哥的国树；

巨杉和红杉是加利福尼亚州的并列的州树；

落羽杉是路易斯安那州的州树；

北美白松木材可以防虫蛀，用来做家具；

刺柏浆果（杜松子）是造金酒的原料。

北美翠柏的木材是制造铅笔的主要用材；

福建柏的根可以提炼芳香油，用于药和化妆品生产。

柏科植物的花粉容易让部分人产生过敏致病，日本柳杉曾经造成问题。

刺柏是胶锈菌属真菌的宿主，这种菌可以造成苹果、梨等果树发生锈病。