在使用透视电子显微镜观察生物样品前样品必须被预先处理。随不同研究要求的需要科学家使用不同的处理方法。

1. 固定：为了尽量保存样本的原样使用戊二醛来硬化样本和使用锇酸来染色脂肪。

2. 冷固定：将样本放在液态的乙烷中速冻，这样水不会结晶，而形成非晶体的冰。这样保存的样品损坏比较小，但图像的对比度非常低。

3. 脱干：使用乙醇和丙酮来取代水。

4. 垫入：样本被垫入后可以分割。

5. 分割：将样本使用金刚石刃切成薄片。

6. 染色：重的原子如铅或铀比轻的原子散射电子的能力高，因此可被用来提高对比度。

使用透视电子显微镜观察金属前样本要被

切成非常薄的薄片（约0.1毫米），然后使用电解擦亮继续使得金属变薄，最后在样本中心往往形成一个洞，电子可以在这个洞附近穿过那里非常薄的金属。无法使用电解擦亮的金属或不导电或导电性能不好的物质如硅等一般首先被用机械方式磨薄后使用离子打击的方法继续加工。为防止不导电的样品在扫描电子显微镜中积累静电它们的表面必须覆盖一层导电层。