主要用芽接，芽接中又以套芽接（管状芽接）和T字形芽接较为普遍。

扁桃栽培主要有园式和间作式，栽植过密，生长不良，结果很少。根据当地情况，可选用3×5（m），4×4（m），4×5（m）或4×6（m）等方式，即栽27～44株/667m2。在干旱地区适当密些，在肥沃的灌区可栽稀一点。间作式一般株距为3～4米，行距12.5～50米不等。

扁桃自花不实，可以每隔2～3行主栽品种，配置1～2行授粉品种。

扁桃定植当年定干，第二年后开始整形，可采用疏层形或自然开心形整枝，主干高度50～70cm。疏层形上留主枝5～7个，分为2～3层。开心形上留主枝3～4个，每隔10～20cm左右在主干上交错配置，主枝间方位角90～120度。在主干上除主枝外，其它枝条只要不太密可摘心保留，以促使主干加粗生长。巴旦木的修剪量较轻，冬季修剪和夏剪配合进行最佳。修剪方式与杏相似，幼龄树以轻剪缓放为主，结果枝组适当短剪回缩。对各级骨干枝的延长枝按需要长度进行短剪，对徒长枝、枯枝、病虫枝及过密枝加以疏除。对盛果期树的修剪以疏剪为主，适当进行短截，注意保留较多的中、短果枝，加强结果枝组的培养和更新。

扁桃属抗旱、耐瘠薄树种，对土壤适应性强。巴旦木园每年需秋耕1次。生长季应及时中耕松土，保持土壤疏松、透气、无杂草。一般无需灌水，但过度干旱时应适时灌水。雨季应注意排水，防止土壤积水引起根系腐烂。越冬前灌防冻水效果好。巴旦木树每年秋施基肥1次，以果实采收至土壤冻结前为宜。幼树施2～4t/667m2农家肥或40～100kg/667m2复合肥，结果树秋施基肥应酌情增加。巴旦木树生长季节应追肥2～4次。成年树每株每年需氮1kg、磷0.4kg、钾0.4kg。此外，应注意补充含锌、硼、钙等元素的复合肥。

扁桃的病害主要有褐腐病、弹孔病、溃疡病、叶疮痂病、叶枯萎病、果软腐病、冠腐病等。新疆的巴旦木生产上病害较少，只在苗期常见立枯病发生，成年树有非侵染性病害发生，树势弱是易染枝干流胶病，此外还有一些病毒危害巴旦木。巴旦木虫害主要有螨类、蚧壳虫、红蜘蛛、蝽类、蚜虫等。防治以生物防治与化学防治相结合，主要措施是选用无病的健壮种苗。