滇南苏铁树干高0.8~3m，直径30~40cm，具环状叶痕，下部渐脱落。羽叶长2.5~3m，羽片约67~138对，纸质叶柄长0.8~1m，两侧具短刺36~40对，先端尖锐而微弯，长0.2~0.4 cm，羽片条形，中部羽片长25~38 cm，宽1.4~1.5 cm，中脉两面隆起。雄球花柱状卵圆形，小孢子叶长约4 cm，上面不育部分被黄褐色绒毛。雌球花卵圆形，长约20cm，直径15cm;大孢子叶长26~80cm，顶片宽圆形或卵圆形，背面密被黄褐绒毛，腹面无毛，边缘具13~20对钻形裂片，长约2~3.5 cm，大孢子叶柄长(3)6~ 17.5 cm，两侧着生2~7枚胚珠，胚珠疏生毛与无毛并存。种子球形，熟时红褐色，长3~6 cm，直径2.1~2.8 cm。花期4~5月，种子成熟期10~11月。

区分

滇南苏铁与巴兰萨苏铁、单羽苏铁外形近似，但滇南苏铁叶柄上的刺较短，叶背淡绿色，大孢子叶顶片卵圆形，边缘具13~20对侧裂片，胚珠有时有毛;巴兰萨苏铁刺较长而直伸，约0.4~0.8 cm;而后者刺长0.2~0.4 cm，微弯;且单羽苏铁大孢子顶裂片明显比侧裂片粗大，胚珠2~5枚，种子较小。