幼苗易发生根腐病，防治方法：①种子、插穗消毒。播种前，种子可用种子重量0.3%的退菌特或种子重量0.1%的粉锈宁拌种或用80%的402抗菌剂乳油2000倍液浸种5小时；插穗基部也可用同样浓度药液浸1小时后扦插。②苗床土壤消毒，每平方米用50%多菌灵15克撒于地表翻入土中，或用75%五氯硝基苯3克均有良效，且可兼治猝倒病、立枯病。③药剂防治。发病时，可用40%根腐宁1000倍液喷雾或浇灌病株；或80%的402乳油1500倍液灌根。
灰木莲病虫害不多，主要虫害苗期有蝼蛄、大蟋蟀咬食幼苗。防治方法为毒饵诱杀，毒饵是57%辛硫磷0.25千克，麦麸1.5-2.5千克，加适量水拌匀成团，以撒出去能散开为适度。傍晚撒在苗床周围，杀灭蟋蟀、蝼蛄效果都好。
