本科的形态性状与茜草科关系密切，因此大多数分类学家把它们一起归入茜草目。但在Engler著的 《Syllabus der Pflanzenfamilien》的第12版中把本科放在山萝卜目内。Hutchinson将本科与四照花科和五加科等一起归入五加目。Airy-Sbaw在其修订的Willis著《A Dictionary of the Flowering Plants and Ferns》中重新起用了 Link早期建立的单属科-接骨木科Sambucaceae。

Wilkinson首先提出接骨木属和荚蒾属具有共同起源而不同于忍冬科的其他属的看法，认为忍冬科通过接骨木属而与四照花科具有亲缘关系;接骨木属-荚蒾属类群可能起源于原始的四照花科复合群(Cornaceous complex)而不同于科内的其他属。忍冬科的染色体和花粉形态的资料为上述论点提供了间接的支持。尽管忍冬科内染色体数目均为x=8-9，但染色体的大小则相差悬殊，以接骨木属和荚蒾属的染色体最大，忍冬属居中，其他各属则较小。花粉形态研究资料表明接骨木属和荚蒾属的花粉粒比其他属要小得多。忍冬科数值分类的研究结果同样说明接骨木属与荚蒾属之间的关系远远超过它们同忍冬科内其他属之间的关系。

但也有不少研究资料支持将接骨木属从忍冬科分出来单独成科。例如，忍冬科中唯有接骨木属在茎结构上具有特殊的性质。根据根的解剖发现接骨木属的韧皮部除了存在晶簇外，还有晶砂，与科内的其他属迥然有别，因而支持另立新科的主张。通过对忍冬科胚囊发育式样的研究也发现唯有接骨木属属于五福花型 (Adoxa type)，而其他各属都属于蓼型 (Polygonum type)。血清学实验结果表明接骨木属与四照花属Cornus 属于同一血清类型。还有人认为忍冬科通过荚蒾属而与败酱科相联系，而接骨木科的系统地位系介乎省沽油科和忍冬科之间。关于忍冬科化学分类的研究发现接骨木属为科内唯一具含氰化合物的属，但由于从荚蒾属的若干种提取到三羟基黄酮 (amentiflavone)，因此不支持把接骨木属单独分立为科。