在日光及紫外光下，通过纸斑反应，观察样品用碱性试剂处理后的颜色变化情况，对于鉴别黄酮类化合物有一定意义。其中，用氨蒸气处理后呈现的颜色变化置空气中随即褪去，但经碳酸钠水溶液处理而呈现的颜色置空气中却不褪色。

此外，利用碱性试剂的反应还可帮助鉴别分子中某些结构特征。例如:

(1)二氢黄酮类易在碱液中开环，转变成相应的异构体-查耳酮类化合物，显橙至黄色。

(2)黄酮醇类在碱液中先呈黄色，通入空气后变为棕色，因此可与其他黄酮类区别。

(3)黄酮类化合物当分子中有邻二酚羟基取代或3，4'-二羟基取代时，在碱液中不稳定，易被氧化，由黄色-深红色-绿棕色沉淀。

纸色谱适合分离检识各种类型黄酮类化合物，包括苷和苷元。双向纸色谱能检识植物粗提物中黄酮类化合物存在的最好方法之一。用双向纸色谱分离检识黄酮类化合物时，第一向通常用一种"醇性"展开剂，第二如t-BuOH─HOAc─H2O(3:1:1)等;向通常用一种"水性"展开剂，如2%~5%HOAc等。

检识黄酮类化合物苷元，通常用"醇性"展开剂。检识苷往往用"水性"展开剂。

薄层色谱法仍然是分离和检出植物粗提物中黄酮类化合物的重要方法之一。一般采用吸附薄层，吸附剂大多用硅胶和聚酰胺。

硅胶薄层主要用于分离大多数苷元，也可用于分离苷。

聚酰胺薄层色谱用于分离含游离酚羟基的苷与苷元较好。由于聚酰胺对黄酮类化合物吸附能力较强，因此，展开剂需要较强的极性。在展开剂中大多含有醇、酸或水，或兼有两者。

纤维素薄层色谱分离黄酮苷元的溶剂系统有苯-乙酸-水(125∶72∶3)或氯仿-乙酸-水(10∶9∶1)。经典的溶剂系统即5%~40%乙酸、正丁醇-乙酸-水(4∶1∶5)等亦经常用于分离黄酮类化合物。

黄酮类成分的色谱条件可分为正相色谱和反相色谱二类，正相色谱采用硅胶为固定相，亲脂性溶剂为流动相，主要检识亲脂性较强的黄酮。也可采用氰基键合担体为固定相。反相色谱多用C18键合柱为担体，流动相常用甲醇-水或乙腈-水，或甲醇-乙腈-水，有时以一定pH的酸水或缓冲溶液代替水加入。