台湾穗花杉最早纪录是在1893年，由爱尔兰籍植物学家奥古斯汀·亨利所发现，他当时任职于打狗港海关(高雄海关)，并在工作之余进行植物调查，便邀请当时鹅銮鼻灯塔管理人史密塞(Schmüser)帮忙，史密塞于是找了不少当地居民代为采集植物标本，在亨利所收集到的标本中，若采集地点标示为南岬(South Cape)，则大部分为史密塞所提供，采集范围可能包括整个恒春半岛，台湾穗花杉应也属于史密塞所采集到的，其地点很可能是位于现今屏东县狮子乡的里龙山。

日治时期，日籍植物学家金平亮三也于1924年在台东大里力山海拔915米处采集到标本，其后又有学者陆续于大里力山西南棱线、草埔后山棱线、日暮山、里龙山等地发现台湾穗花杉踪迹。

而最早于十九世纪鉴定的学名为Amentotaxus argotaenia，一直延用到1952年，由当时台湾大学植物系教授李惠林对本属植物进行分类订正时，发现过去鉴定有误，应为台湾特有种，随将其种名改为formosana。柔荑花序，taxus则是红豆杉属的意思，所以Amentotaxus代表其类似于红豆杉但有柔荑花序特征之树种。