较多的学者认为裸子植物是由前裸子植物(Progymnospermae)和种子蕨(Pteridospermopsida，即苏铁蕨Cycadofilicopsida)演化而来。真蕨类(Filicopsida)与前裸子植物可能共同起源于裸蕨类(Psilophyta)，而种子蕨类与其他裸子植物又平行起源于前裸子植物。科达类(Cordaitopsida)可能起源于前裸子植物，而本内苏铁类(Bennettitopsida，即拟苏铁类Cycadeoideopsida)可能起源于种子蕨类的皱叶羊齿类(Lyginopteridatae)，苏铁类(Gycadopsida)与皱叶羊齿类亲缘关系密切。银杏类(Ginkgopsida)与苛得狄类可能有共同的起源，它们可能是由前裸子植物的同一个分枝中演化出来，或一开始就彼此独立演化成两个平行分枝。松杉类(Coniferopsida)与苛得狄类有着很近的亲缘关系。盖子植物(Chlamydospermopsida)是极特殊的类群，因缺乏古植物学资料，未见有阐明其起源与演化的报道。