最早黄酮类化合物主要是指母核为2-苯基色原酮的一类化合物，如今则泛指两个苯环(A环与B环)通过中央三碳相互联接而成的一系列化合物。根据中央三碳的氧化程度、是否成环、B环的联接位点等特点，可将该类化合物分为多种结构类型，其基本母核结构见下表。
类型 | 母体结构 | 代表化合物 |
黄酮类(flavone) | 黄岑素(baicalein)、黄岑苷(baicalin) | |
黄酮醇类(flavonol) | 槲皮素(quercetin)、芦丁(rutin) | |
二氢黄酮类(dihydroflavone) | 陈皮素(hesperetin)、甘草苷(liquiritin) | |
二氢黄酮醇类(dihydroflavonol) | 水飞蓟素(silybin)、异水飞蓟素(silydianin) | |
异黄酮类(isoflavone) | 大豆素(daidzein)、葛根素(purerarin) | |
二氢异黄酮类(dihydroisoflavone) | 鱼藤酮(rotenone) | |
查尔酮类(chalcone) | 异甘草素(isoliquiritigenin)、补骨脂乙素(corylifolinin) | |
橙酮类(aurones) | 金鱼草素(aureusidin) | |
黄烷类(flavanes) | 儿茶素(catchin) | |
花色素类(anthocyanidins) | 飞燕草素(delphinidin)、矢车菊素(cyanidin) | |
双黄酮类(biflavone) | 银杏素(ginkgetin)、异银杏素(isoginkgetin) |
黄酮类化合物除少数游离外，大多与糖结合成苷。糖基多连在C8或C6位置上，连接的糖有单糖(葡萄糖、半乳糖、鼠李糖等)，双糖(槐糖、龙胆二糖、芸香糖等)、叁糖(龙胆三糖、槐三糖等)与酰化糖(2-乙酰葡萄糖、吗啡酰葡萄糖等)。
天然黄酮类化合物除大多数为O-苷外，还发现有C-苷(如葛根素)存在。
