向微生物燃料电池中添加的介体主要有两种:第一类是人工合成的介体，主要是一些染料类的物质，如吩嗪、吩噻嗪、靛酚、硫堇等等。这些介体必须满足一定的条件:

(1) 能穿透进入微生物的细胞内发生氧化反应;

(2) 非常容易得电子;(3) 在被还原之前能快速离开微生物细胞;

(4) 在阳极表面有很好的电化学活性;

(5) 稳定性好;

(6) 在阳极电解液中是可溶的;

(7) 对微生物没有毒性;

(8) 不会被微生物代谢掉。第二类是某些微生物自身可以合成介体，如Pseudomonas aeruginosastrainKRP1能够合成绿脓菌素和吩嗪-1-甲酰胺等物质，它合成的介体不光自己可以使用，其它的微生物也可以利用它产生的介体传递电子。

参与传递电子的介体与微生物和阳极之间的作用形式有三种:(1) 微生物将氧化还原反应产生的电子直接传递给溶解在溶液中的介体，介体再将电子传递给电极;(2)介体能进入到微生物体内，参加反应被还原，从微生物体内出来后再将电子传递给电极;(3) 微生物吸附在电极表面，它将反应产生的电子传递给在细胞表面的介体，再通过介体传递给电极。

与现有的其它利用有机物产能的技术相比，微生物燃料电池具有操作上和功能上的优势: 首先，它将底物直接转化为电能，保证了具有高的能量转化效率; 其次，不同于现有的所有生物能处理，微生物燃料电池在常温环境条件下能够有效运作; 第三，微生物燃料电池不需要进行废气处理，因为它所产生的废气的主要组分是二氧化碳，一般条件下不具有可再利用的能量; 第四，微生物燃料电池不需要输入较大能量，因为若是单室微生物燃料电池仅需通风就可以被动的补充阴极气体; 第五，在缺乏电力基础设施的局部地区，微生物燃料电池具有广泛应用的潜力，同时也扩大了用来满足我们对能源需求的燃料的多样性。