雨花石产于南京雨花台砾石层。雨花台砾石层为古长江及其支流秦淮河、滁河的沉积物。形成距今约1200万--300万年的地质时代,即中新世、上新世，乃至第四季早期.雨花台砾石层是南京附近的重要地层，在1924年世界地质大会上，由地质学家刘季辰、赵汝钧创名。雨花台砾石层中的砾石来源与长江及支流有关。
关于雨花台砾石层的砾石来源有两种假说:
一是远源，即来自长江中游一带;二是近源，即来自南京附近。李立文教授经过对幕府山、铁心桥和秦淮新河畔的原生玛瑙标本及湖北松兹、四川宜宾的玛瑙质砾石标本的研究后认为:雨花台砾石层的来源较为复杂，它既有远源，也有近源，并以近源为主。
跻身四大观赏石之一的雨花石，出自江苏南京及其周边地区的雨花台砾石层，以其色彩斑斓、玉质天章、小巧玲珑、纹理奇妙、包罗万象、诗情画意著称于世，被誉为"天赐国宝"、"石中皇后"。自古以来深受人们的喜爱和珍藏，其文化历史可谓源远流长。
岁月悠悠雨花石踪迹愈来愈清晰地展现在人们面前
距今 300 万年前，喜马拉雅山脉强烈隆起，长江流域的西部进一步抬升，由唐古拉山各拉丹冬雪岭冰川因日照、风化、水流融化作用而形成的冰融水，从涓涓细流，千涧百溪，最终汇成汹涌波涛，冲出青藏高原，切开巫山绝壁，使东西古长江相互贯通。从此长江犹如一条银龙，咆哮翻滚，拍打着悬崖峭壁，冲击着崎岖乱石，历经6300 公里，一路向东海奔来。而在这过程中，鱼龙混杂，泥沙俱下，至下游平坦地带南京段，便逐渐淤积下来，形成雨花台砾石层，雨花石便是其中之一员。
不过，在漫长的历史长河中，雨花石原来并不叫雨花石。如六合石、五色石、文石、绮石、锦石、玛瑙石、江石子、雨花台石、灵岩石、螺子石等，如今主产地六合、仪征一带仍称作活石(一般指玛瑙质的雨花石。为叙述之便，以下统称雨花石)。关于雨花石的成因，在学术界和雨花石研究领域有星云说、喷出说、陨星说、远源说、近源说、远近源同存说等，笔者以为后者更加言之有据，其余存疑待考。
雨花石在这片古老的土地上默默地沉睡了数百万年，究竟在什么时候进入人类的视野，走进人们生活的呢?可谓是千古之谜。现据考古发现，可上溯到距今五、六千年前的新石器时期。一九五五年至一九五八年南京博物院先后四次对市中心鼓楼区北阴阳营文化遗址进行考古发掘，在出土的大量文物中，考古工作者还从当初含在死者口中、陶罐里发现了76 颗雨花石。
对当时的文化特征、社会形态、殡葬制度进行考证还发现，当时"制玉工艺较发达"，"玉石和玛瑙装饰品丰富"，雨花石不仅是人们喜爱的赏玩品、装饰品，而且还作为财富的象征和"可能有原始信仰的用意"。关于雨花石文化的历史渊源，随着时间的推移，考古界也许会有更加喜人的成果。
雨花石文化的发展史与我国的赏石史、玉石史有着千丝万缕的联系。雨花石既有宝石的特质(如蛋白、玛瑙、水晶、玉髓)，又有极高的观赏价值，"玉与玛瑙所不能及，故足贵也。"(明《灵岩石说》语)春秋末年，我国著名的思想家、教育家、儒家学说的创始人孔子所著的《尚书.禹贡》记载:"扬州贡瑶琨"。瑶琨者，似玉的美石，玛瑙也。而扬州的辖区真州(今仪征市)惟盛产玛瑙，是雨花石的主产地之一。
且今天的月塘乡砂矿，仍多产玛瑙，质地尤其润泽细腻，为社会所共认。六合、仪征两地砂矿众多，星罗棋布，唯月塘名声最响。故此，早在春秋战国时便将此地之"瑶琨"贡至宫廷，成为达官显贵的案头清供或为皇室嫔妃装饰点缀之物乃是至情至理之事。好一个"扬州贡瑶琨"，五言而已，足以让雨花石的热爱者、研究者兴奋不已。
