底质样品的分解方法随监测目的和监测项目不同而异，常用的分解方法有以下几种。

1、硝酸-氢氟酸-高氯酸（或王水-氢氟酸-高氯酸）分解法

该法也称全量分解法，是用于测定底质中元素含量水平及随时间变化和空间分布的样品分解。其分解过程是称取一定量样品于聚四氟乙烯烧杯中，加硝酸（或王水）在低温电热板上加热分解有机质。取下稍冷，加适量氢氟酸煮沸（或加高氯酸继续加热分解并蒸发至发干）。最后，用1%硝酸煮沸溶解残渣，定容，备用。这样处理得到的试液可测定全量铜、铅、锌、铬、镍、镉等。

2、硝酸分解法

该方法能溶解出由于水解和悬浮物吸附而沉淀的大部分重金属，适用于了解底质受污染的状况。其分解过程是称取一定量样品于50毫升硼硅玻璃管中，加几粒沸石和适量浓硝酸，徐徐加热至沸并回流15分钟，取下冷却，定容，静置过夜，取上清液分析测定。

3、水浸取法

称取适量样品，置于磨口锥形瓶中，加水，密塞，放在振荡器上振摇4小时，静置，用干滤纸过滤，滤液供分析测定。该方法适用于了解底质中重金属向水体释放情况的样品分解。

4、有机溶剂提取法

该方法用于处理测定有机污染组分的底质样品，如测定666、DDT等。