有机溶剂属于ODS类物质，对大气臭氧层有破坏作用，属于环保控制物质且有毒，水基溶剂是环保的、无毒的，可直接排放，符合ISO9001及ISO14000的要求。

水基溶剂清洗后要用纯水漂洗，并需烘干，用电量稍大一些，同时占地面积相对较大，设备成本也相对较高。有机溶剂清洗后用蒸汽漂洗，工位相对较少，需要加装冷冻机组，耗电量约低于水基清洗设备，它的占地面积相对较小，但难度较高。

有机溶剂采用的是直接溶解所以超声波清洗速度快，周期短，效果直接，彻底，但清洗后一定时间内会有氯离子残留。水基清洗是采用洗剂替换的方式，并且是两次替换(第一次是溶剂替换油污等杂质，第二次是纯水替换溶剂)，替换后还需要烘干，故相对清洗时间较长，但水基清洗后没有残留问题，符合ISO9001及IOS14000的要求。

有机溶剂使用原液清洗，虽然可以重复使用，但由于其高挥发性，及产品的粘附性，其用量十分大。水基溶剂均是兑水使用，单价虽然约高于有机溶剂，但用量小。水基漂洗需用纯水，但纯水的制水成本也很低，一吨只有几分钱。总的来说，水基清洗的使用成本远远低于有机溶剂。

综上所述，水基清洗的使用成本低，安全、环保、但设备复杂，有机溶剂清洗速度快，设备简单，但是不环保，也存在安全隐患，同时使用成本相对较高。