化肥都是由各种不同的盐类组成，所以长期和大量施用这些由盐类组成的肥料，当肥料进入土壤后，就会增加土壤溶液的浓度而产生不同大小的渗透压，作物根细胞不但不能从土壤溶液中吸水，反而将细胞质中的水分倒流入土壤溶液，就导致作物受害。典型的例子就是作物"烧苗"
农药大量施用后，造成农药残留或深入地下水，对水源也造成污染。近几年大蒜价格低就是因为农药残留超标，国外收购商取消收购，导致的。我们自己食用的也可能检验不合格，只是国内民众的觉悟没有那么高，再就是自己化验的成本太高。普通民众承担不起。
①河川、湖泊、内海的富营养化。引起水域富营养化的原因，主要是水中氮、磷的含量增加，使藻类等水生植物生长过多。
②土壤受到污染，土壤物理性质恶化。长期过量而单纯施用化学肥料，会使土壤酸化。土壤溶液中和土壤微团上有机、无机复合体的铵离子量增加，并代换Ca2+、Mg2+等，使土壤胶体分散，土壤结构破坏，土地板结，并直接影响农业生产成本和作物的产量和质量。
③食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。亚硝酸盐的生物毒性比硝酸盐大5~10倍，亚硝酸盐与胺类结合形成的N-亚硝基化合物则是强致癌物质(见N-亚硝基化合物与癌)。使用化肥的地区的井水或河水中氮化合物的含量会增加，甚至超过饮用水标准。施用化肥过多的土壤会使蔬菜和牧草等作物中硝酸盐含量增加。食品和饲料中亚硝酸盐含量过高，曾引起小儿和牲畜中毒事故。化学肥料中还含有其他一些杂质，如磷矿石中含镉10~100ppm，含铅5~10ppm，这些杂质也可造成环境污染。
④大气中氮氧化物含量增加。施用于农田的氮肥，有相当数量直接从土壤表面挥发成气体，进入大气。还有相当一部分以有机或无机氮形态进入土壤，在土壤微生物作用下会从难溶态、吸附态和水溶态的氮化合物转化成氮和氮氧化物，进入大气。为了防止环境污染，应对施用的化学肥料进行控制和管理。
化肥行业市场发展现状及未来前景
2012年中国化肥行业共有2203家企业，总共实现销售收入8362亿元，同比增长17.2%;实现净利润446亿元，同比增长11.6%。从2008-2012年化肥行业平均净利润率5个月的平均走势来看，2012年季节性波动特征有所增强。
随着2012年化肥生产成本的继续走高，在原料成本方面，如煤炭、天然气、硫磺、原料氯化钾等的采购价格虽较上年无明显上涨，但也未出现下降。燃料成本方面，成品油价格上涨了200-300元/吨。另一方面，原料和燃料供应不足，有价无市的现象更为普遍，造成化肥生产装置开工率下降，在一定程度上推高了化肥企业的制造成本。
