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五氟化碘作为一种通用的氟化剂和强氧化剂，在有机合成中具有重要的作用，主要用来制备合成全氟碘烷碘化物的调聚剂。最主要用途是合成含氟表面活性剂和含氟织物整理剂的原料全氟碘烷。
五氟化碘具有特异的生物活性和生物体适应性，可作为催化剂，氟化剂，卤素交换剂，半导体生产的蚀刻剂等等。
