红树林群落在世界上面积不大，但具有很高的生态价值，一旦被破坏将引起严重的后果。中国的红树林在过去破坏比较严重，有大面积红树林分布的地区多已经划分为自然保护区，而且有很多是国家级自然保护区，处于严格的保护之下。
红树林是中国保护物种，近10多年来，先后建立了国家级(3个)、省级(4个)、县级(8个)红树林保护区15个，并制订了相应的保护法律法规。然而，得到10多种国家和地方法律、法规保护的红树林并没幸免刀俎之灾。近40年来，由于围海造地、围海养殖、砍伐等人为因素，红树林面积由40年前的4.2公顷减少到1.46万公顷，不及世界红树林面积1700万公顷的千分之一。特别是在《海洋环境保护法》和《国家海域使用管理暂行规定》颁布实施多年的今天，有些人无视国家法规，急功近利，仍然在大片地砍伐红树林，包括几个国家级红树林自然保护区都遭到不同程度的砍伐破坏，其中尤以广西自治区砍伐红树林为甚。全区原有红树林22387公顷，到1993年仅剩5654公顷。据不完全统计，广西近几年己砍伐和己列入填海造地规划的(已批准)即将砍伐的红树林将达近1000公顷。
已列入《中国湿地名录》，国家保护的重要湿地之一的福建龙海红树林保护区内，1998年龙海市政府未经保护区主管部门批准，将上马一顶耗资2500万元的围垦工程，围垦面积460公顷(6900亩)用于搞养殖，将危及33多公顷(490多亩)红树林的成活。
厦门西海域，80年代在东渡等海域仍有成片红树林，随着这几年的围海造地的不断扩大而消失。
深圳福田国家级红树林鸟类自然保护区。自1988年以来，深圳城市建设就有8项工程占用福田红树林鸟类保护区红线范围内土地面积达147公顷(2200亩).
海南省文昌市铺前镇约6公里长的沿海岸线上，67多公顷(1000多亩)的红树林区已全面挖塘养殖，近半数的红树林遭受严重破坏。海南东寨港国家级红树林自然保护区是中国面积最大的红树林自然保护区，总面积3300多公顷(5万多亩)，有林面积2000多公顷(3万多亩)，列入《世界湿地名录》。但从1993年以来，不断有群众进入保护区砍红树、挖塘搞养殖，大片大片的红树林区成为荒芜的水泥塘。
中国的红树林遭受如此严重的围垦砍伐破坏，而且还在继续遭受破坏，除了少数破坏红树林事件是由于管理不严，被群众的围垦养殖等活动破坏外，大量的还是当地政府的行为。这就不能简单地用环保意识差、对红树林生态系的重要性缺乏认识、或法制观念不强等原因来解释。而是有更深刻的原因-急功近利，经济利益的驱动。因此，只有提高《国家海域使用管理暂行规定》的法律地位，使我们的蓝色国土海洋也同陆域土地一样具有同样的法律地位，才能有效地控制滩涂海域"无法、无偿、无序"的开发使用状态，才能更有效地保护包括红树林在内的滩涂和海洋资源环境。
中国政府近年来采取有力措施保护有"海底森林"之称的红树林资源，特别是发挥红树林在净化重金属、农药、生活和养殖污水能力强，防止赤潮发生方面的重要作用。
广西壮族自治区拥有中国面积最大的红树林，但由于沿海一些渔民毁林建虾塘，广西的红树林面积减少了10%。大量红树林被砍伐、破坏，引起了中国政府的极大关注。中国已建立7个省级以上的红树林保护区，保护红树林约占全国红树林总面积的一半，并成立了广西红树林研究中心，这是中国建立的第一个比较完整的红树林保护、科研与管理体系。
湛江红树林自然保护区位于广东省湛江市境内，面积1.9万公顷，1990年经广东省人民政府批准建立，1997年晋升为国家级，主要保护对象为红树林生态系统。湛江红树林自然保护区为中国现存红树林面积最大的一个自然保护区。
湛江红树林自然保护区既是留鸟的栖息、繁殖地，又是候鸟的加油站、停留地，成为国际候鸟通道。除了众多的鸥形目、雀形目等留鸟外，每年秋冬季，还有大量的候鸟(包括鹤类、鹳类、鹭类、猛禽类等)在从日本、西伯利亚或中国的北方地区飞往澳大利亚的途中需要在保护区停留，使湛江红树林自然保护区成为中日、中澳国际候鸟的通道。据初步调查，红树林中的鸟类达 194种，列入国家重点保护名录有 7 种，广东省重点保护名录 34 种，国家 " 三有 " 保护名录 149 种，中日候鸟条约 80 种，中澳候鸟条约 34 种，中美候鸟条约 50 种，濒危野生动植物国际贸易公约附录Ⅰ1 种，附录Ⅱ 7 种，列入国际自然和自然资源保护联盟红色名录易危鸟类 4 种。
湛江红树林自然保护区丰富的红树林资源，为林内和海生动物提供了良好的生境。2002年9月湛江海洋大学红树林生物多样性调查队对雷州半岛6个红树林区的鱼类和贝类进行了清查，清查结果表明，雷州半岛红树林区有贝类3纲38科76 属110种，有鱼类15目58科100属127种。贝类以帘蛤科种类最多，达20种;发现中国大陆沿海为首次记录的有皱纹文蛤、绿螂、帽无序织纹螺、鼬耳螺4种。鱼类以鲈形目居绝对优势，有27科49属65种。有重要经济价值的种类中贝类有28种、鱼类有32种。
国家环保总局对红树林保护工作已经开始高度重视。相关法律法规正在逐步出台。深圳福田国家级红树林鸟类自然保护区，城市建设8项工程占用福田红树林鸟类保护区红线范围内土地面积达147公顷(2200亩)，占原整个保护区面积的48.8%，共毁掉茂密红树林35公顷(526亩)，占原红树面积的31.6%的现象引起高度关注，进一步的措施会相继跟进。
