黄泥草具有柄或无柄的腺体，或各种单毛、具节毛或星状毛。茎直立或匍匐状，常四棱形;枝条对生，稀轮生。叶通常为单叶，全缘或具各种齿、浅裂或深裂，稀为复叶，大多对生，稀轮生或部分互生。花序聚伞，3至多花，通常在节上形成轮伞花序(或假轮)、单歧聚伞花序或每节双花，并由上述花序组成顶生或腋生的总状、穗状或圆锥状的复合花序，稀为头状或偏向一侧开放〔如黄芩属(Scutellaria)和香薷属(Elsholtzia)的一些种类〕;苞叶常在茎上向上逐渐过渡成苞片，与叶同色或异色，稀苞片或小苞片成针刺状、叶状或特殊形状。

花通常两性，两侧对称，稀多少辐射对称;花萼钟状、管状或杯状，稀壶状、球形或二片盾形，萼齿通常5，稀3、2或10(其中5长5短)，齿间稀具胼胝体〔如青兰属(Dracocephalum)〕，具5、10、15脉，稀8、11、13~19脉，外面通常被毛或腺体，内面有或无毛环〔或称果盖(carpostegium)〕;花冠管状多为二唇形，着色;裂片5，稀4;雄蕊通常4，二强，稀2枚，通常前对长，后对较短，着生于花冠管上，花丝丝状，有或无毛，花药2室、纵裂，花盘下位，通常肉质;子房上位，由2个中向心皮形成;有4个心室;中轴胎座。花柱通常着生于子房基部，柱头2裂，稀不裂。果为4枚小坚果或核果状;种子于果内单生，直立，稀横生而皱曲，胚乳无或极不发育，胚具微肉质子叶。花粉常具3~4或6沟，扁球形至长球形。外层与内层厚度同或较厚，常具网。沟具有颗粒状膜。具3沟的花粉粒传粉是在二核时期，具6沟的花粉粒在三核时期。