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长蕊木兰零星分布于云南东南部广南、西畴、金平、屏边、文山、西北部福质、贡山,西部和西南部景东、澜沧、永平、景洪等县海拔1200-2400米,及西藏墨脱海拔2400米的山地常绿阔叶林中。锡金、不丹、缅甸北部、印度东北部及越南北部也有分布。
在中国,分布区位于西部偏干性北热带季雨林,雨林地带及南亚热带季风绿阔叶温凉湿润以至潮湿,年平均温15-17℃。极端最柢气温可达-3℃或更低,极端最高温15--17℃,极端最低气温-2000毫米,旱季多雾;年平均相对湿度在80%以上。