在聚合果成熟，种子尚未脱落前，进行采种，采回果实稍晒干或晾干使蓉皮开理解，取出种子，将红色外种皮除去，随即播在沙质土或腐殖土中，种子发芽温度要求15-25℃。苗期需要遮荫。

圃地应选在交通便利，排灌条件良好，地势平坦，土质为酸性、肥沃疏松的苗地为宜。

12月份，须对圃地进行深挖翻晒。到翌年2~3月份整好苗床，床宽1m，床高15cm，步道宽30cm。

播种采用条播方式，行距20cm，沟深8cm。先在沟底施放充分腐熟的基肥，后放1层5cm厚的黄土覆盖基肥，然后播种，播后在种子上覆盖1层细黄土，最后铺1层稻草保湿。其种子千粒重75g左右，用种量为6~8kg/

。

当幼苗30%出土后，便要除去稻草，及时搭置荫棚，拔除苗内杂草，除草后结合松土进行施肥。

苗木施肥应做到“薄肥勤施”、“由稀到浓”的原则。在5~7月间，每隔7~10d要松土施肥1次，以氮肥为主宜稀薄。期间要使苗木快速生长，可在每次抽发嫩叶时，喷施适量浓度的植物生长调节剂，可使苗木旺盛生长。如遇久晴不雨或高温土壤干燥时，应在早、晚进行田间灌溉，以起到降温保湿的作用。从8月份开始，肥水中应增加磷、钾肥，少施氮肥，以增强苗木的抗伏抗寒性能，加速苗木木质化。幼苗宜在圃地荫棚内生长2a后，苗高达到80~100cm时，才可出圃造林或作绿化大苗另行定植培育。那些长势差、高度不到1m的弱势苗，须在荫棚内继续培育1a，方可去掉荫棚。移植宜在春季苗木发芽前进行。定植后的长蕊木兰，便可按一般的绿化大苗进行培育管理。

在4~5月间，幼苗易受地老虎等地下害虫危害。可于晴天傍晚用50%甲胺磷乳油1000~2000倍液喷雾或99%敌百虫800倍液进行地面喷药。6~8月间，由于幼苗处在高温高湿中生长，如果圃地排水不畅，幼苗极易得根腐、立枯等病害。病害一般以预防为主，应排好水沟，使排水通畅，每隔半月喷杀菌剂，如多菌灵、敌克松等，也可在肥水中加入井岗霉素等药液浇灌苗木，起到预防的作用，减少病害的发生。