紫点杓兰植株高15-25厘米，具细长而横走的根状茎。茎直立，被短柔毛和腺毛，基部具数枚鞘，顶端具叶。叶2枚，极罕3枚，常对生或近对生，偶见互生，后者相距1-2厘米，常位于植株中部或中部以上；叶片椭圆形、卵形或卵状披针形，长5-12厘米，宽2.5-4.5（-6）厘米，先端急尖或渐尖，背面脉上疏被短柔毛或近无毛，干后常变黑色或浅黑色。
花序顶生，具1花；花序柄密被短柔毛和腺毛；花苞片叶状，卵状披针形，通常长1.5-3厘米，先端急尖或渐尖，边缘具细缘毛；花梗和子房长1-1.5厘米，被腺毛；花白色，具淡紫红色或淡褐红色斑；中萼片卵状椭圆形或宽卵状椭圆形，长1.5-2.2厘米，宽1.2-1.6厘米，先端急尖或短渐尖，背面基部常疏被微柔毛；合萼片狭椭圆形，长1.2-1.8厘米，宽5-6毫米，先端2浅裂。
花瓣常近匙形或提琴形，长1.3-1.8厘米，宽5-7毫米，先端常略扩大并近浑圆，内表面基部具毛；唇瓣深囊状，钵形或深碗状，多少近球形，长与宽各约1.5厘米，具宽阔的囊口，囊口前方几乎不具内折的边缘，囊底有毛；退化雄蕊卵状椭圆形，长4-5毫米，宽2.5-3毫米，先端微凹或近截形，上面有细小的纵脊突，背面有较宽的龙骨状突起。
蒴果近狭椭圆形，下垂，长约2.5厘米，宽8-10毫米，被微柔毛。花期5-7月，果期8-9月。
