丽江杓兰植株高约10厘米，具粗壮、较短的根状茎。茎直立，长3-7厘米，包藏于2枚筒状鞘之内，顶端具2枚叶。叶近对生，铺地；叶片卵形、倒卵形至近圆形，长8.5-19厘米，宽7-16厘米，先端钝或具短尖头，上面暗绿色并具紫黑色斑点，有时还具紫色边缘。
花序顶生，具1花；花序柄长4-7厘米，无毛；花苞片不存在；子房长1.2-1.8厘米，通常弯曲，无毛；花甚美丽，较大；萼片暗黄色而有浓密的红肝色斑点或完全红肝色，花瓣与唇瓣暗黄色而有略疏的红肝色斑点；中萼片卵形或宽卵形，长4.2-7厘米，宽3.8-6厘米，先端急尖，边缘有缘毛；合萼片椭圆形，长3.5-5.6厘米，宽2-3.6厘米，先端略有2齿，边缘亦有缘毛。
花瓣斜长圆形，内弯而围抱唇瓣，长4-6.5厘米，宽1.4-2.1厘米，先端急尖，背面上侧有短柔毛，边缘有缘毛；唇瓣深囊状，近椭圆形，腹背压扁，长3.3-4厘米，囊的前方表面有乳头状突起但无小疣；退化雄蕊近长圆形，长1.3-1.5厘米，上面有乳头状突起。花期5-7月。
