绿花斑叶兰植株高13-20厘米。根状茎伸长，茎状，匍匐，具节。茎直立，绿色，具2-3（-5）枚叶。叶片偏斜的卵形、卵状披针形或椭圆形，长1.5-6厘米，宽1-3厘米，绿色，甚薄，先端急尖，基部圆形，骤狭成柄；叶柄和鞘长1-3厘米。

花茎长7-10厘米，带红褐色，被短柔毛；总状花序具2-3 （-5）朵花；花苞片卵状披针形，长2厘米，宽6-7毫米，淡红褐色，先端尖，边缘撕裂；子房圆柱形，浅红褐色，上部被短柔毛，连花梗长1.4-1.5厘米；花较大，绿色，张开，无毛；萼片椭圆形，绿色或带白色，先端淡红褐色，长1.25-1.5厘米，宽5-6毫米，先端急尖，具1脉，无毛，中萼片凹陷，与花瓣粘合呈兜状；侧萼片向后伸展。

花瓣偏斜的菱形，白色，先端带褐色，长1.25-1.5厘米，宽4.5-6.5毫米，先端急尖，基部渐狭，具1脉，无毛；唇瓣卵形，舟状，较薄，长1.2-1.4厘米，宽8-11毫米，基部绿褐色，凹陷，囊状，内面具密的腺毛，前部白色，舌状，向下作之字形弯曲，先端向前伸；蕊柱短，长4毫米；花药披针形；花粉团长10-12毫米，线形；蕊喙直立，长7-8毫米，2裂。花期8-9月。