单子叶(左)和双子叶植物

"被子植物"这一词最先是由保罗·赫尔曼于1690年所提出，做为其植物界里的主要一门，指种子被蒴果包覆的开花植物，与其裸子植物-具瘦果的开花植物(整个果实或其每一部份在此被视为是一颗种子且裸露在外)相对。卡尔·林奈对此一名词和其反义词亦维持着相同的意涵，但做较局限的应用，做为其二强雄蕊纲(Didynamia)内目的名称。而它要演进至现今所指的范畴，则是直到了罗伯特·布朗于1827年在苏铁和松柏目中确立了真实裸露胚珠的存在，正确地称呼它们为裸子植物后，才变得可能。在此之前，只要裸子植物被(且通常)指为双子叶开花植物的话，被子植物就会被用做其反义名，加上不同的局限，以做为其他双子叶植物的总称。

霍夫梅斯特于1851年发现了开花植物中胚珠的变化过程，且决定了其和维管植物间的关系，此一进展将裸子植物修正为和双子叶植物不同的一纲，而被子植物则渐渐被接受来指裸子植物之外的整个开花植物，且因此包括双子叶植物和单子叶植物两纲。这即是现今所接受且使用的名词意义。

在大多数的分类学里，开花植物都被视为是一相关的群体，但其阶层并不一定。韦特施泰因系统和恩格勒系统使用 Angiospermae 这一名称，且将其列为亚门;而 Reveal 系统则是使用 Magnoliophytina 这一名称，亦列为亚门，但随后便将其分成木兰纲、合百纲和蔷薇纲。塔赫他间系统和克郎奎斯特系统使用 Magnoliophyta 这一名称，并列为门。戴尔根系统和索恩使用 Magnoliopsida 这一名称，并列为纲。但是，1998年的APG系统和2003年的APG II系统并不视它为一正式的分类，而把它视为一分支，称之为被子植物分支。