除了子叶数量之外，双子叶和单子叶之间还存在着其他很大的不同，尽管这些主要是指单子叶植物分支和真双子叶植物分支之间的不同。许多早期分歧出来的双子叶植物会有些“单子叶”的特征，例如散乱的维管束、三基数的花朵和非三沟的花粉。此外，某些单子叶植物亦会有着“双子叶”的特征，如网状的叶脉。
种子：单子叶植物的胚胎有一个子叶，而双子叶植物的则有两个。
花朵：单子叶植物的花瓣为三的倍数，而双子叶植物的则为四或五的倍数。
茎：单子叶植物茎部维管束是散乱的，而双子叶植物的则是环状的。
次生长：单子叶植物的茎很少会显示出次生长，而双子叶植物的则很常有次生长。
花粉：单子叶植物的花粉有一个沟或气孔，而双子叶植物的则有三个。
根：单子叶植物的根是偶发成长的，而双子叶植物的则是长自胚根中。
叶子：单子叶植物的叶脉是平行的，而双子叶植物的则是网状的。
