植物标本制成后应保存于分隔的便于移动的金属标本柜内。为便于检出，标本一般多依分类系统排列。中国各大植物标本室常根据德国恩格勒系统(德国学者A·恩格勒于1892年提出的被子植物分类系统。将单子叶植物放在双子叶植物之前，又根据花构造的复杂程度加以排列，单子叶植物花构造简单的香蒲科、露兜树科等在前，复杂的芭蕉科、姜科、兰科等放在后。双子叶植物花构造简单的如木麻黄科、胡椒科、杨柳科、胡桃科等放在最前面，其后为具两层花被的离瓣花类和合瓣花类)或英国哈钦森系统(英国学者J·哈钦森于1934年提出的被子植物分类系统。把双子叶植物人为地分为两大类:由木兰目起源的木本类和由毛茛目起源的草本类，认为单子叶植物起源于双子叶植物的毛茛科，并主要根据花被的特征将单子叶植物分为三群:枣花类、冠花类和颖花类)排列标本。国外也有根据边沁-胡克系统排列标本的(英国学者G·边沁和J·D·胡克于 1883年提出的分类系统。根据花瓣特征，将双子叶植物分为三群:离瓣植物、合瓣植物及单被植物，其下又根据花部特征及种子特征划分次级的群。单子叶植物放在双子叶植物之后，根据花被及胚乳等特征区分为七群)。美国常采用贝西系统排列标本(美国学者C·E·贝西于1893~1915年建立的被子植物分类系统。其特点是将花各部分生并呈螺旋排列的毛茛目看作是被子植物最原始的群，从这群衍生出其他的双子叶植物和单子叶植物)。也有先分为几个大群，如蕨类、裸子植物、单子叶纲、双子叶纲，然后按科名的拉丁字母顺序排列的。不论何种排列方式，对同一种的标本都需要进一步按地区排列。

为了科研和教学需要还可按专柜存放，如:①模式标本柜。据以鉴定命名的新属种的模式标本，是判断命名正确与否的唯一根据。有些植物标本室将所藏全部模式标本，包括主模式、同号模式、合模式、选模式、拟模式、同产地模式等，单独保存于专用的模式标本柜中，更便于检查。②教学用标本柜。为便于初学者应用和减少其他标本的磨损，将经常使用的或供一般鉴定的教学标本，另柜保存。③地区性标本柜。将同一地区的标本按系统排列保存，可为地区性植物志的编写或其他工作创造条件。④历史性标本柜。将一些历史上重要的采集活动或一些值得纪念的人物所采的标本及其他有关资料，如通信、采集记录和野外照片等集中保存，以作纪念。以上各专用标本柜中的标本仍须按照前述任何一种植物分类系统存放，以便查找。