云南盆距兰茎伸长，长达20厘米，粗4-7毫米，节间长1.5-2厘米。叶二列互生、舌形或长圆形，长6-16.5厘米，宽1.5-2.5厘米，先端长渐尖并且具2-3条芒。
伞形花序具4-15朵花；花序柄劲直，长1.5-5.5厘米，基部被1-2枚鞘；花苞片卵状三角形，长1-2毫米；花梗和子房长1厘米；萼片和花瓣淡黄色带淡褐色先端；萼片近等大，舌状长圆形，长5-7毫米，宽2.7-3.5毫米，先端钝。
花瓣相似于萼片而较小；前端宽三角形，长2.5毫米，宽约5毫米，边缘撕裂状，上面中央垫状增厚；垫状物黄色带少数紫红色斑点，其外围被乳突状毛；后唇近兜状或半球形，具白色带紫红色斑点的上端口缘；口缘比前唇高，前端具1个宽的凹口，其两侧边缘多少斜立而上方两侧呈齿状三角形。花期10月。
