1. 甲醛变性的琼脂糖(Agarose) 凝胶的配制
在250 mL的锥形瓶中准确称量2 g Agarose (Sigama),再加20 mL 10×TAE Buffer,144 mLDEPC处理过的双蒸水,微波炉中化胶,待冷却至50-60℃加EB至终浓度≤0.5 μg/mL。在通风橱中加入36 mL甲醛,放置一段时间以减少甲醛蒸汽。
2. RNA的甲醛变性电泳
(1) 样品制备
RNA总量:10 μg
5×甲醛凝胶电泳缓冲液:4 μl
甲醛: 3.5 μl
甲酰胺:10 μl
加入无菌离心管中混合,95℃水浴变性2 min(或55℃,15 min),取出后放入冰中冷却。
(2) 加入2 μl无菌的DEPC处理的加样运载液。(使用加样运载液的目的有三: 增大样品密度,以确保DNA均匀进入样品孔内;使样品呈现颜色,便于加样操作;能明确显现样品在电泳胶上的泳动位置。以 0.5 X TBE作电泳液时,溴苯酚在琼脂糖中的泳动速率与长 300 bp 的双链线状DNA相同,而二甲苯氰FF 的泳动速率与长4 kb 的双链线状DNA相同。)
(3)将胶板浸没在1×甲醛凝胶电泳缓冲液中,点样前5 V/cm预跑5 min。点样后3-4 V/cm电泳。
(4)电泳结束后(溴苯酚蓝迁移到约8 cm处),紫外灯下观察, 照相。