水利工程会对陆生植物产生直接或间接的影响，直接影响是指建筑物直接破坏陆生动植物的生活环境，一般多为永久性影响。间接影响主要是指土壤盐碱化、沼泽化与气候变化影响动植物结构与种类。
水利工程主要的作用对象为水体，因此对水生生物的生态系统影响更为明显且直接。水位抬高会对水生生物产卵与生长所需的生长环境及相关的水温条件产生破坏。此外，水库侵没区及淹没区植被死亡与可溶盐的增加对使氮磷含量增加，加上库区附近草原、农田中所富含的营养物质随着雨水径流到水库中，有利于水体富营养化。水利工程对鱼类资源影响巨大，不仅会对鱼类洄游的通道进行阻隔。还会对鱼类繁殖产生影响，水库消落导致鱼卵于库岸暴露而死亡。
