合并现金流量表的编制与单个企业现金流量表的编制，在原理和程序上完全相同。但合并现金流量表的编制也有一些特殊问题，包括以下几方面:
(1)
在按间接法计算营业活动现金流量时，固定资产折旧和无形资产摊销费用仍应加回到合并净收益，少数股东收益也应加回到合并净利润，少数股东损失则从合并净利润中减去。在按购买法处理企业合并时，折旧费用和摊销费用要按合并日子公司资产的公允价值(包括商誉)计算，属于少数股东的子公司净利润也应纳入营业活动现金净流量，因为所有子公司的全部现金均在合并资产负债表中。
(2)
从企业集团来看，只有母公司所支付的现金股利和子公司支付给少数股东的现金股利才可以列为筹资活动的现金流量(流出)。子公司支付给母公司的现金股利对合并现金没有任何影响，因为这仅仅是企业集团各成员企业间现金的内部转移。若子公司支付线少数股东的股利为数较大，也可在合并现金流量表中单独列示或用托弧披露。
(3)
母公司直接用现金从子公司购入增发的普通股并不改变合并现金的数额，所以在合并现金流量表中不需报告，而母公司从子公司少数股东(证券市场上)购入增发的股份则减少了合并现金数。历此，这种购入股份在合并现金流量表中报告为投资活动的现金流量。
(4)
母公司向证券市场出售部分子公司股份所得的现金，增加了合并现金，从而在合并现金流量表中列为投资活动现金流量，出售股份的损益则表示在计算营业活动净现金流量时对母、子公司合并净利润的调整。
通常，合并现金流量表是以合并利润表和合并资产负债表为基础编制的，而不是以母、子公司单个企业的利润表和资产负债表为基础编制的。此外，尚需其他与合并现金流量表编制有关的母公司和子公司账上的明细资料。与个别现金流量表编制一样，合并现金流量表的编制方法有间接法和直接法两种。
