1、管护的经费没保障
①部分水利工程运行费用过高，农户无法承担运行以及更新维护费用为了降低农户水电费的支出，水利工程一般均不会收取农户的折旧费用，只是收取农户的用水费用，但是由于一些工程并不享有政府的电费、运营费用的补贴，运行维护的管理费用远远超出了农户可以承受的能力，一般情况下保证小型农田的水利工程维护管理的相关费用与降低农户的水利开支，两者是不可以兼得的。
②一些大中型灌溉渠末端系统政策缺乏一般情况下，农业灌溉水费均是由群管水费以及国家水费共同组成的，对于小型的水利工程水费一般并没有国家水费这一组成，主要是群管水费，群管水费用来支付群管工程管理或者维护的相关费用，群管水费的充足与否直接的影Ⅱ向着小型农田水利工程是否可以正常运行网。因此，有些大型灌溉地区的为了减少农民的经济负担，不实施水费政策，主要的水费来源与国家的支持。一般情况下，国家支持的水费很难满足大灌溉区的工程维护，因此，小型水利工程的维护费用就无法得到支持，最终导致了小型水利工程田间管理秩序混乱，出现无人问津的现象。
③一些地区水费过高目前，一些大型灌溉区为了减少农户的经济支出，政府的水费价格慢慢的延伸到了群管工程方面，地方水价格按照政府的政策实施，地方水力单位代表国家进行征收农户用水费用。但是，国家所指定的水价格相对较高，导致地方性水价格没有足够的空间。因此，地方水力部门既想保证正常的水力工程维护费用又想降低地方农民的经济支出的愿望是很难得以实现的。
2、小型水利工程管理责任人不明确
目前我国大部分水力工程的归属权一直不明确，虽然小型水力工程的建设是由国家支持并且是由农民集体使用的，可是受利益的农民群体却没有尽到有效地管护责任。工程的建设与管理发生了严重的不协调现象，大部分的小型水力工程目前均处于一个无人看管的状态。此外，一些小型的水力设备，如池塘等，是国家计划经济从而建立的。但由于家庭承包的出现，农民们开始自行修建了一些通水渠。但是由于国家对免收农业税进行了全国范围内的普及后，一些水力工程设施常常被忽视，目前基本上已经是大部分通水渠已经是杂草丛生，到了需要进行排水的时候，水力设施基本上已经起不到任何的作用。
3、水力工程建后管护体系不完善
一般情况下，农村的小型水力工程建设之初就已经存在了诸多问题，由于国家的监管力度不严，地方政府对小型水力工程的监管力度又不够，最终导致了很多工程出现烂尾现象，更有甚者一些工程出现了豆腐渣工程，因此，对于建后的维护工作就更加的需要加强，但是目前的情形来看，大部分农村均缺乏具有相关维护工作经验的技术人员，大部分人不懂如何维护水利工程。一些乡镇政府由于对水力工程的重视度不够，导致一些乡镇水管站被撤销，这对于小型水力工程建后的维护工作更加的是雪上加霜，一些乡镇水管站的撤销最终导致了无人管理水利工程设施维护，水力设施出现问题无人可以解决，这就更加严重的影响了工程的管护工作。在一些北方偏远地区，农村的灌溉方式主要是以沟渠灌溉的方式为主，但是由于近些年来大部分地区雨水较为充足，因此对于水力工程设施的使用方面就减少许多，农民缺乏管理意识，任由水力设施被闲置，更有甚者一些无知的人对水力工程进行肆意的破坏。
