灭菌后，待培养料的温度降到30℃以下时，就可移入无菌室或接菌箱中，按无菌操作规程，把原种瓶中的银耳原基小心刮去，再把原基下方的银耳菌丝和羽毛状菌丝充分搅拌均匀，然后接入装有培养料的瓶中或塑料袋的接种穴内。

接种结束后，应及时将栽培瓶或塑料袋搬入栽培室，整齐地排放于木架上，每架5~6层，每层间隔约35厘米。把室内温度调节在25~28℃，让羽毛状菌丝迅速长入培养料，室内空气相对湿度应保持在70%以下。3~5天后把温度降至2 ~25℃，让银耳菌丝长入培养料。每隔3天上下层的瓶或袋要进行一次调换，避免染层之间的温度差造成菌丝生长的差别。开头一星期内，瓶或袋可以互相靠紧，重叠，提高温度，以利发菌。一星期后随着菌丝生长逐渐加快，代谢旺盛，应及时排开，瓶或袋之间保持2厘米的距离，以利通气和散热。

接种后10~12天为菌丝生长阶段，采用密闭培养，管理上要保持室内干燥，温度恒定和空气新鲜。温度过高时要早晚或夜间开门窗通风降温，温度低于20℃时，则要用炭炉或电炉加温。用炭炉要注意排除二氧化碳。让木炭先在室外烧旺，盖上一层草木灰后再搬入室内。接种后，经10天左右的适温培养，菌丝蔓延生长并深入培养料约3~4厘米，瓶口和塑料袋穴口已被菌丝密封，对外界抵抗力强，杂菌不易侵入，为满足菌丝旺盛生长对氧气的需要，瓶栽的应揭去覆盖瓶口的薄膜，套上高出瓶口3~4厘米的牛皮纸袋;袋栽的要将接 种穴内的封口胶布掀开3毫米左右的小孔，让新鲜空气进入袋内，促进菌丝良好生长。再经5~10天培养，瓶面或塑料袋接种穴，出现红、黄色水珠，并开始形成原基。